POCZĄTKI
14 maja 1908 r. w Miechowie utworzono trzeci z kolei, po Kielcach i Radomiu, oddział Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego. Zarząd PTK, w skład którego wchodzili: prezes – Henryk Zaporski, sekretarz i skarbnik – Tomasz Wiśnicki oraz członkowie: Jan Nawroczyński, Walery Borzęcki, Ignacy Dotkiewicz, Józef Malewski, Napoleon Normak, Eugeniusz Nowakowski, Edmund Łukasiewicz, Franciszek Wilczyński, wkrótce po zawiązaniu, podjął decyzję o powołaniu muzeum. Do otwarcia muzeum, pierwszej tego typu placówki w Królestwie Polskim, doszło prawdopodobnie w 1910 r.
Jednym z pierwszych zadań, przed jakimi stanęło PTK, było odrestaurowanie trzech pomieszczeń w dawnym budynku klasztornym, które służyć miały jako sale ekspozycyjne, jak również uporządkowanie licznie napływających do muzeum darowizn w postaci prywatnych kolekcji oraz pojedynczych przedmiotów. Warto podkreślić, że już w momencie powstania muzeum, w Miechowie istniało kilkanaście zbiorów prywatnych. Pierwsze eksponaty pochodziły głównie z kolekcji dziennikarza, publicysty i prawnika, a nade wszystko zapalonego archeologa, Stanisława Jana Czarnowskiego, który podarował muzeum przeszło 800 zabytków archeologicznych znalezionych w okolicach Miechowa. Ponadto darczyńcami byli m. in. Tomasz Wiśnicki – pierwszy kustosz muzeum oraz Henryk Zaporski, który podarował kolekcję numizmatów. Pierwsze lata intensywnej działalności oraz zaangażowania członków PTK sprawiły, że w 1913 r. muzeum posiadało już 2000 eksponatów. Ogółem, na zasoby muzealne składały 
się wówczas: książki, mapy i ryciny, stanowiące zaczątki księgozbioru, ponad 1200 okazów przyrodniczych i archeologicznych, 140 zasuszonych roślin, prawie 200 kości zwierząt kopalnych oraz muszli, zbiory owadów i motyli, 25 okazów antropologicznych i etnograficznych, 110 prób gleb, zbóż, a także prób tkackich, 30 przedmiotów artystycznych oraz 300 numizmatów, medali i medalionów. Szczególne zasługi w powiększaniu zbiorów miał wspomniany Stanisław Czarnowski, ale też Leon Kozłowski, archeolog i działacz polityczny.
WOJENNA ZAWIERUCHA
Wraz z wybuchem I wojny światowej działalność muzeum oficjalnie ustała, choć mimo znikomej frekwencji, muzeum nadal było otwarte dla zwiedzających. Po zakończeniu wojny i wyjeździe Stanisława Czarnowskiego z Miechowa, muzeum dalej funkcjonowało. Jednakże w 1919 r. zostało zamknięte. Dopiero rok 1923 przyniósł wznowienie i ożywienie działalności. Obowiązki kustosza na długie lata przejął wówczas inspektor samorządowy Julian Piwowarski. Powiększające się z wolna zbiory, głównie drogą darowizn z uwagi na brak funduszów na zakup eksponatów, nie mogły być w całości udostępniane ze względu na niewielką przestrzeń ekspozycyjną. Z tego też powodu muzeum otwarte było jedynie w niedzielę, w godz. 10-11, co niekorzystnie wpłynęło na liczbę zwiedzających, która w 1925 r. wyniosła zaledwie 367 osób. Również lata 30-te nie sprzyjały zwiększeniu frekwencji. Miechów przeżywał okres stagnacji, a sąsiedztwo krajoznawczych muzeów – krakowskiego, olkuskiego i jędrzejowskiego, wprowadzało element konkurencyjności. W 1938 r. frekwencja wynosiła 300 osób, a udostępniane eksponaty stanowiły zaledwie 1/3 wszystkich zbiorów. W tym czasie zbiory podzielone były na działy: ogólnoprzyrodniczy, mineralogiczny, archeologiczny, numizmatyczny, historyczny.
Wygląd ekspozycji muzealnej w latach 30-tych najpełniej oddaje opis Władysława Antoniewicza zamieszczony na łamach czasopisma „Ziemia” z 1930 r.:
W pierwszej celi stoi szafa bibljoteczna, ze skromną bibljoteczką krajoznawczą; na niej w pudle zbiór motyli. Za stołem gablotka stolikowa z nowemi nabytkami, mianowicie z bronią i pieczęciami z r. 1863, wykopanemi we wsi Pałecznicy. Pod oknem podobna gablotka z mchami, grzybami i gniazdami, pod ścianą zaś trzecia gablotka z banknotami polskiemi i rosyjskiemi; na oknie ustawiono kilka okazów ceramiki ludowej. W drugiej celi pod ścianą stoi gablota, ze spodem szafkowym, magazynowym, który mieści nieuporządkowane przedwojenne druki miejscowe. W gablocie ułożono obce numizmaty. W gablotce zaś pod oknem umieszczono monety polskie. Pod ścianą przyokienną stoi na podstawie stolikowej niski oszklony klosz z drzewa dębowego, dobrze pomyślany. Wypełniają go wykopaliska archeologiczne z Miechowa i okolicy, pochodzące z badań S.J. Czarnowskiego. Na tej witrynie stoją trzy dobrze spreparowane czaszki bydlęce. Na ścianie zawieszono przekroje geologiczne Polski. Naprzeciw okna ustawiono szafę ścienną z gablotką ukośną starego typu, sosnową, lakierowaną na żółto. W szafie zmasowano wypreparowane czaszki gryzoni, stare druki, dokumenty historyczne i okazy geologiczne. W gablotce płaskiej wystawiono ciekawsze dokumenty; na ścianie wióry i odpadki krzemienne, naszyte na kartonie i oprawione w ramach za szkłem. W trzeciej celi dwie gabloty, pod ścianą i oknem, z okazami geologicznemi z okolic Kielc i Miechowa. Naprzeciw okna duża oszklona szafa trójdzielna z minerałami, muszlami, skamielinami, okazami technologicznemi i kaflami. Na ścianach wiszą kartony prac ręcznych uczennic szkoły średniej w Miechowie. W całości, muzeum miechowskie, posiadające wartościowe okazy przyrodnicze, archeologiczne i historyczne, sprawia wrażenie składu rzeczy ciekawych i osobliwych.
Wybuch II wojny światowej i wkroczenie do Miechowa niemieckiego okupanta spowodował znaczne straty wśród eksponatów. Zbiory zostają wówczas wyrzucone z pomieszczeń klasztornych na korytarz, a część z nich, zwłaszcza okazy numizmatyczne, bezpowrotnie ulega rozproszeniu. Ocalałe eksponaty Julian Piwowarski, za zgodą proboszcza miechowskiej parafii, umieścił na strychu nad zakrystią, gdzie bezpieczne przetrwały zawieruchę wojenną.